Для определения рода слова “малахит” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “малахит” . Тогда в зависимости от окончания в слове “малахит” можно определить род.
Слово “малахит” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “малахит” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “малахит” находится по ссылке