Для определения рода слова “манускрипт” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “манускрипт” . Тогда в зависимости от окончания в слове “манускрипт” можно определить род.
Слово “манускрипт” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “манускрипт” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “манускрипт” находится по ссылке