Для определения рода слова “миссионер” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “миссионер” . Тогда в зависимости от окончания в слове “миссионер” можно определить род.
Слово “миссионер” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “миссионер” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “миссионер” находится по ссылке