Для определения рода слова “молебен” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “молебен” . Тогда в зависимости от окончания в слове “молебен” можно определить род.
Слово “молебен” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “молебен” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “молебен” находится по ссылке