Для определения рода слова “молекула” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “молекула” . Тогда в зависимости от окончания в слове “молекула” можно определить род.
Слово “молекула” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “молекула” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “молекула” находится по ссылке