Для определения рода слова “молельня” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “молельня” . Тогда в зависимости от окончания в слове “молельня” можно определить род.
Слово “молельня” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “молельня” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “молельня” находится по ссылке