Для определения рода слова “начальник” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “начальник” . Тогда в зависимости от окончания в слове “начальник” можно определить род.
Слово “начальник” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “начальник” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “начальник” находится по ссылке