Для определения рода слова “пещера” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пещера” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пещера” можно определить род.
Слово “пещера” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “пещера” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пещера” находится по ссылке