Для определения рода слова “подпрапорщик” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “подпрапорщик” . Тогда в зависимости от окончания в слове “подпрапорщик” можно определить род.
Слово “подпрапорщик” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “подпрапорщик” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “подпрапорщик” находится по ссылке