Для определения рода слова “подстрочник” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “подстрочник” . Тогда в зависимости от окончания в слове “подстрочник” можно определить род.
Слово “подстрочник” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “подстрочник” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “подстрочник” находится по ссылке