Для определения рода слова “подхорунжий” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “подхорунжий” . Тогда в зависимости от окончания в слове “подхорунжий” можно определить род.
Слово “подхорунжий” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “подхорунжий” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “подхорунжий” находится по ссылке