Для определения рода слова “полынья” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “полынья” . Тогда в зависимости от окончания в слове “полынья” можно определить род.
Слово “полынья” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “полынья” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “полынья” находится по ссылке