Для определения рода слова “прапорщик” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “прапорщик” . Тогда в зависимости от окончания в слове “прапорщик” можно определить род.
Слово “прапорщик” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “прапорщик” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “прапорщик” находится по ссылке