Для определения рода слова “префектура” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “префектура” . Тогда в зависимости от окончания в слове “префектура” можно определить род.
Слово “префектура” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “префектура” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “префектура” находится по ссылке