Для определения рода слова “протодьякон” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протодьякон” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протодьякон” можно определить род.
Слово “протодьякон” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “протодьякон” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протодьякон” находится по ссылке