Для определения рода слова “протокол” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протокол” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протокол” можно определить род.
Слово “протокол” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “протокол” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протокол” находится по ссылке