Для определения рода слова “протопоп” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протопоп” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протопоп” можно определить род.
Слово “протопоп” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “протопоп” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протопоп” находится по ссылке