Для определения рода слова “пунктуация” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пунктуация” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пунктуация” можно определить род.
Слово “пунктуация” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “пунктуация” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пунктуация” находится по ссылке