Для определения рода слова “пуповина” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пуповина” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пуповина” можно определить род.
Слово “пуповина” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “пуповина” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пуповина” находится по ссылке