Для определения рода слова “пупырь” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пупырь” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пупырь” можно определить род.
Слово “пупырь” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пупырь” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пупырь” находится по ссылке