Для определения рода слова “секретарь” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “секретарь” . Тогда в зависимости от окончания в слове “секретарь” можно определить род.
Слово “секретарь” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “секретарь” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “секретарь” находится по ссылке