Для определения рода слова “сепаратист” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “сепаратист” . Тогда в зависимости от окончания в слове “сепаратист” можно определить род.
Слово “сепаратист” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “сепаратист” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “сепаратист” находится по ссылке