Для определения рода слова “стоматит” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “стоматит” . Тогда в зависимости от окончания в слове “стоматит” можно определить род.
Слово “стоматит” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “стоматит” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “стоматит” находится по ссылке