Для определения рода слова “субстанция” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “субстанция” . Тогда в зависимости от окончания в слове “субстанция” можно определить род.
Слово “субстанция” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “субстанция” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “субстанция” находится по ссылке