Для определения рода слова “субституция” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “субституция” . Тогда в зависимости от окончания в слове “субституция” можно определить род.
Слово “субституция” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “субституция” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “субституция” находится по ссылке