Для определения рода слова “субстрат” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “субстрат” . Тогда в зависимости от окончания в слове “субстрат” можно определить род.
Слово “субстрат” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “субстрат” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “субстрат” находится по ссылке