Для определения рода слова “топонимия” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “топонимия” . Тогда в зависимости от окончания в слове “топонимия” можно определить род.
Слово “топонимия” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “топонимия” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “топонимия” находится по ссылке