Для определения рода слова “флажок” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “флажок” . Тогда в зависимости от окончания в слове “флажок” можно определить род.
Слово “флажок” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “флажок” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “флажок” находится по ссылке