Для определения рода слова “фломастер” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “фломастер” . Тогда в зависимости от окончания в слове “фломастер” можно определить род.
Слово “фломастер” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “фломастер” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “фломастер” находится по ссылке