Для определения рода слова “флотилия” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “флотилия” . Тогда в зависимости от окончания в слове “флотилия” можно определить род.
Слово “флотилия” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “флотилия” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “флотилия” находится по ссылке