Для определения рода слова “халцедон” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “халцедон” . Тогда в зависимости от окончания в слове “халцедон” можно определить род.
Слово “халцедон” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “халцедон” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “халцедон” находится по ссылке