Для определения рода слова “череп” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “череп” . Тогда в зависимости от окончания в слове “череп” можно определить род.
Слово “череп” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “череп” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “череп” находится по ссылке