Для определения рода слова “шифр” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “шифр” . Тогда в зависимости от окончания в слове “шифр” можно определить род.
Слово “шифр” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “шифр” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “шифр” находится по ссылке