Для определения рода слова “шишечка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “шишечка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “шишечка” можно определить род.
Слово “шишечка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “шишечка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “шишечка” находится по ссылке