Для определения рода слова “шишка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “шишка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “шишка” можно определить род.
Слово “шишка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “шишка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “шишка” находится по ссылке