Для определения рода слова “шкатулка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “шкатулка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “шкатулка” можно определить род.
Слово “шкатулка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “шкатулка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “шкатулка” находится по ссылке