Для определения рода слова “шхуна” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “шхуна” . Тогда в зависимости от окончания в слове “шхуна” можно определить род.
Слово “шхуна” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “шхуна” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “шхуна” находится по ссылке