Для определения рода слова “экосистема” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “экосистема” . Тогда в зависимости от окончания в слове “экосистема” можно определить род.
Слово “экосистема” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “экосистема” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “экосистема” находится по ссылке