Для определения рода слова “энцефалит” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “энцефалит” . Тогда в зависимости от окончания в слове “энцефалит” можно определить род.
Слово “энцефалит” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “энцефалит” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “энцефалит” находится по ссылке