Для определения рода слова “ватикан” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “Ватикан” . Тогда в зависимости от окончания в слове “Ватикан” можно определить род.
Слово “ватикан” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “Ватикан” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ватикан” находится по ссылке