Для определения рода слова “главнокомандующий” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “главнокомандующий” . Тогда в зависимости от окончания в слове “главнокомандующий” можно определить род.
Слово “главнокомандующий” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “главнокомандующий” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “главнокомандующий” находится по ссылке