Для определения рода слова “зёрнышко” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “зёрнышко” . Тогда в зависимости от окончания в слове “зёрнышко” можно определить род.
Слово “зёрнышко” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “зёрнышко” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “зёрнышко” находится по ссылке