Для определения рода слова “командир” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “командир” . Тогда в зависимости от окончания в слове “командир” можно определить род.
Слово “командир” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “командир” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “командир” находится по ссылке