Для определения рода слова “микроорганизм” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “микроорганизм” . Тогда в зависимости от окончания в слове “микроорганизм” можно определить род.
Слово “микроорганизм” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “микроорганизм” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “микроорганизм” находится по ссылке