Для определения рода слова “микрофлора” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “микрофлора” . Тогда в зависимости от окончания в слове “микрофлора” можно определить род.
Слово “микрофлора” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “микрофлора” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “микрофлора” находится по ссылке