Для определения рода слова “ниндзя” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “ниндзя” . Тогда в зависимости от окончания в слове “ниндзя” можно определить род.
Слово “ниндзя” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “ниндзя” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “ниндзя” находится по ссылке