Для определения рода слова “пентагон” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пентагон” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пентагон” можно определить род.
Слово “пентагон” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пентагон” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пентагон” находится по ссылке