Для определения рода слова “пень” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пень” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пень” можно определить род.
Слово “пень” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пень” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пень” находится по ссылке