Для определения рода слова “перепонка” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “перепонка” . Тогда в зависимости от окончания в слове “перепонка” можно определить род.
Слово “перепонка” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “перепонка” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “перепонка” находится по ссылке