Для определения рода слова “протока” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “проток” . Тогда в зависимости от окончания в слове “проток” можно определить род.
Слово “протока” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “проток” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протока” находится по ссылке